Megahit: 高效迅速的metagenome assembler

软件简介

Megahit是基因组组装方面最常用且高效的软件之一。它主要的原理是基于k-mer迭代的德布莱英图方法。关于对德布莱英图的初步解读我写在另一篇blog(基于德布莱英图（De Bruijn graph）的宏基因组de novo拼接)里面。

在我的宏基因组数据处理中，megahit是和metaSPAdes、IDBA-UD等软件一起常被用到的，对我来说，它的主要优势是速度快、且占用运存小。我在运行一下测试数据，需要查看大概的结果的时候，会经常用到megahit。

参数列表

-1, -2, -o: 最常用的双端测序
-r, -o: 单端测序数据

常用命令

megahit -1 /path/to/R1.fq -2 /path/to/R2.fq -o /path/to/out_dir

相关参考链接

1. https://academic.oup.com/bioinformatics/article/31/10/1674/177884?login=false